간혹 티눈과 혼동되는데, 이는 체중에 의해 눌려서 피부 표면으로 두드러지게 올라오지 못하고 티눈처럼 피부 속으로 파고 들어 그렇습니다. 다른 곳의 사마귀는 볼록 튀어나오거나 뾰족히 올라와있지만 발바닥 사마귀는 판을 형성하거나 구진이나 결절 형태로 되어 있고 걸을 때 통증이 심해집니다.

사마귀는 주로 병변 부위를 잡을 때가 주로 통증이 있고, 티눈은 누를 때에 통증이 더 심합니다.
그리고 병변의 표면을 깎았을 때, 사마귀는 검은 점으로 보이는 것들이 있는데 이는 사마귀 바이러스가 만든 모세혈관이 점으로 보이는 것입니다. 때로는 이게 점상 출혈이 있어 피가 묻어 나오기도 합니다. 그리고 사마귀는 각각의 병변으로 독립된 티눈과 달리 서로 모여있거나 융합하여 판 형태로 있기도 합니다.

소작법은 전기나 레이저로 사마귀 병변을 태우는 방법인데 간편하고 일회 치료가 가능하나 흉터가 잘 생기고 재발이 잘 됩니다.
특히 발바닥 사마귀 치료 시 상처 치유가 더디며, 치료 후에 생긴 흉터 때문에 보행 시 통증을 느낄 수 있습니다.

냉동요법은 액화 질소를 사용하여 병변 부위를 얼리는 방법입니다.
치료 간격은 3주 간격으로 꾸준히 치료 받으면 호전되며 재발율이 상대적으로 낮다는 장점이 있습니다.

그 외에도 살리실산이나 젖산 혹은 면역치료나 항암제로 사용하는 물질 도포나 주사 등의 방법도
위의 두 치료가 실패할 때에는 시도해 볼 수 있습니다.